La carrera de Khanyi como corredora comenzó en el año 2000, cuando completó por primera vez el Maratón de Soweto, celebrado en Soweto, su municipio natal. Posteriormente, avanzó a ultramaratones como Comrades, Two Oceans, OM Die Dam y muchos otros. Sus aventuras como corredora la llevaron al ámbito internacional, donde fue la primera mujer negra en completar la medalla de seis estrellas. La medalla de seis estrellas de Abbot Champions International Marathons reconoce a los corredores que han completado los 42,2 km completos, incluyendo los Maratones de Berlín, Tokio, Boston, Londres, Nueva York y Chicago. A la lista se suman los Maratones de París y la Gran Muralla China. Correr un maratón internacional abre un nuevo mundo al desafiarse a uno mismo para aprender sobre diferentes culturas y conocer gente de todo el mundo, todos motivados por un objetivo común: correr el mundo.
Khanyi ha completado 10 de los extenuantes Maratones Comrades de 87 km para obtener su Número Verde. El Maratón Comrades se corre desde Durban hasta Pietermaritzburg con la participación de más de 15 000 corredores. Conocida como la Carrera Humana definitiva, el Maratón Comrades pone a prueba el carácter, la determinación y la tenacidad de quienes se atreven a aceptar el reto.
Khanyi ha completado 10 de los 56 km de Two Oceans para obtener un número azul. Two Oceans es conocida como una de las carreras más pintorescas que se corren en Ciudad del Cabo, pasando por un punto donde se unen los océanos Índico y Atlántico. El Maratón Two Oceans reta a cada corredor a recorrer el punto más empinado y ondulado de Ciudad del Cabo, con final en el emblemático recinto de la Universidad de Ciudad del Cabo.